Perdió sus títulos cuando se unió a su antiguo enemigo Rodolfo de Rheinfelden durante la querella de las Investiduras contra el emperador Enrique IV en 1073.
Reginaldo prevalece, pero debe ceder gran parte de los territorios transjurásicos a Conrado, quien por estas fechas fue nombrado por Lotario II rector del reino de Borgoña o Arlés.
Este cargo fue confirmado en 1152 y desempeñado por los duques de Zähringen hasta 1218 y, por ello, a veces se les denomina también duques de Borgoña.
Bertoldo IV († 1186), que siguió a su padre Conrado, pasó la mayor parte de su vida en Italia al lado de Federico I Barbarroja.
Entre tanto, Berna recibe el estatus de ciudad libre del Imperio.