Al año siguiente, luchaba como Teniente en Flandes durante la guerra de sucesión austriaca.
William mandó un regimiento en Louisbourg dirigiendo un desembarco anfibio bajo fuego enemigo, lo que permitió establecer una posición ventajosa en la batalla y le valió a Howe los elogios de su comandante.
En octubre de 1775, él General Thomas Gage partió hacia Londres y Howe le sustituyó como Comandante en jefe del Ejército británico en América.
Sin embargo, cuando estas órdenes llegaron a Howe en noviembre, este decidió invernar en Boston e iniciar la campaña al año siguiente, lo que aprovecharon los continentales del coronel Henry Knox para transportar artillería pesada desde Ticonderoga.
Washington usó esta artillería para fortificar Dorchester Heights, controlando la ciudad y el puerto.
Este retraso acabaría siendo muy costoso, ya que permitió a los Continentales mejorar sus fortificaciones y reclutar más efectivos.
De haber atacado Brooklyn Heights, Howe hubiera podido capturar a la mitad del ejército estadounidense, apresando al propio Washington, lo que hubiera dado un vuelco significativo al curso de la guerra.
Sin embargo, al día siguiente se encontró con que los americanos bloqueaban su paso hacia el norte, apostados en las colinas de Harlem.
Howe decidió entonces consolidar su posición a la espera de refuerzos y permaneció en Nueva York durante casi un mes.
Durante ese tiempo, ordenó la ejecución de Nathan Hale por espionaje y se vio obligado a enfrentarse al Gran Incendio del 76.
Intentó desembarcar en tierra firme en Throgs Neck, para rodear las posiciones de Washington en Harlem, pero fue rechazado y tuvo que retirarse.
Finalmente, consiguió pasar por Pell's Point, pero Washington le esquivó nuevamente retirándose a White Plains, donde ambos ejércitos se enfrentaron el 28 de octubre.
La decisión de Howe de realizar una expedición directa contra Filadelfia pudiera deberse a su competición particular con el general John Burgoyne, al que se le había encomendado el mando del ejército que, desde el norte, debería marchar sobre Albany, pese a que Howe había presionado en favor de Clinton.
Burgoyne se encontró sólo frente a los continentales y fue derrotado en Saratoga, cerca de Nueva York.
En octubre de 1777, Howe presentó su dimisión a Londres, que fue finalmente aceptada en abril del año siguiente.
Tras ser descubiertos tuvo lugar una pequeña escaramuza que se saldó sin apenas bajas por parte de ambos bandos.
Howe y su hermano Richard fueron muy criticados por su actuación durante la Guerra, llegando a solicitar una investigación oficial para limpiar su nombre.
En 1782 fue nombrado Teniente General de la Ordenanza y pasó a formar parte del Consejo Privado.