Dos años después se realizaron las primeras modificaciones al mencionado «Plan Territorial Sectorial» que incluyeron modificaciones a la Variante Sur de Mercancías, debido a las deficiencias detectadas en el primer estudio informativo.
A la espera del proyecto definitivo de la variante en el año 2004 se aprobó la unión entre Santurce y Ortuella mediante la construcción del túnel del Serantes cuyas obras comenzaron en el año 2005 y finalizaron en el año 2008 con un presupuesto de 47,27 millones de euros.
El proyecto de conexión directa del Túnel del Serantes con la red actual se denominó Conexión Ortuella pero para poderse utilizar se tendría que realizar una duplicación y mejora de la C-2 ya que discurriría completamente por la red actual.
En ese mismo estudio se analizaba la construcción de la variante completa propuesto por el Gobierno Vasco en el proyecto llamado Conexión Olabeaga muy similar al anteproyecto presentado años atrás.
Debido a que la conexión Olabeaga se determinó que era la más óptima -aunque también la más costosa tanto económica como medioambientalmente- debido a que separaba los tráficos de los mercancías del Puerto de los trenes cercanías, en 2017 el Gobierno Vasco llegó a un acuerdo con el Ministerio de Fomento para realizar su propio estudio centrado en esa conexión.
[6] Aunque hasta que no esté operativa al 100% la Y vasca con el tráfico de mercancías que pueda generar y no se sepa las características de ese corredor -la Y vasca no es de alta velocidad pura por lo que es posible que el tramo entre Vizcaya y Cantabria tampoco lo sea- no se podrá confirmar nada al respecto.
Los trabajos acometidos desde el lado del puerto quedaron parados por problemas con la expropiaciones y con diferentes redes de servicios.
El tipo de roca que se ha perforado ha sido calcarenita y lutita.
Tres centros de transformación suministran corriente a todo el trazado.
[15] A causa de diferentes desacuerdos y la poca información disponible años atrás se dijo que la construcción de la variante ferroviaria iba a ser solamente en ancho internacional (al igual que la Y vasca) lo que provocaría que no se pudiese utilizar esa variante para transportar mercancías al resto de España y Portugal señalando una clara descoordinación del proyecto y las necesidades que dice viene a suplir[16] aunque posteriormente, en el proyecto definitivo, se confirmó que la variante si incluiría esos anchos: el predominante en España y Portugal (ibérico) y el predominante en Europa (internacional).
Con ello, el paisaje será dañado dos veces, construyéndose en muchos de los casos dos viaductos, dos túneles, dos desmontes... paralelos, uno por cada infraestructura.
En la mayoría de horarios -desde las 10:00 hasta las 14:00 y desde las 17:00 aproximadamente- los cercanías tienen una frecuencia de 15 minutos en ese tramo común (cada 30 minutos por línea) por lo que hay surcos para meter un mercancías en esos intervalos; sin contar los que se puedan meter en horario nocturno, festivos, fines de semana y en las mencionadas horas punta ajustando horarios.
Décadas después, tras la desindustrialización y con una mejor tecnología, no se ha planteado adaptar la línea para soportar un tráfico similar e incluso mayor.
De hecho entre Baracaldo y Luchana hay una tercera vía que no se utiliza.