Era tal su compromiso con anunciar la Buena Noticia, que eventualmente el dominico Bernardo de Lugo sería considerado pionero en el estudio y la enseñanza de la gramática muisca.
Su oferta académica trasciende la educación monacal hasta alcanzar a las gentes del común, fueran estos españoles o criollos que se profesionalizaban para ocupar cargos públicos, hasta indígenas, inclusión que más adelante les acarrearía a los dominicos una amonestación real.
En 1594, con las facultades de teología, jurisprudencia, filosofía y medicina en curso, el aval eclesiástico recibe un espaldarazo de legitimidad ante la Corona gracias al Exequatur del rey Felipe III.
[1] Cuando desde Roma el papa Paulo V proclamaba la bula Cathedra Militantis Ecclesiae (1612), con la que el Convento de Nuestra Señora del Rosario se separaba del Colegio-Universidad, los dominicos enfrentaban su primera batalla jurídica contra la Compañía de Jesús.
Un estudiante podía tomar cursos en varios, pero debía acudir a la Universidad Santo Tomás para recibir su grado.
Curiosamente, la intelectualidad que salió de sus aulas les significaría, más adelante, mayores retos a las universidades, pues serían el fiscal Francisco Antonio Moreno y Escandón y el prócer Francisco de Paula Santander quienes las obligarían a replantear su naturaleza.
Acusados de regalismo, pues en sus grados debía jurarse lealtad al rey, los dominicos ganaban el beneplácito del imperio y quedaban con el derecho exclusivo de graduar en la Nueva Granada.
La Orden enarbolaba su tradición, la calidad probada de sus maestros y el prestigio acumulado.
Mientras el fiscal hacía propio el esfuerzo por poner al virreinato a la vanguardia —tarea loable—, los seguidores del Doctor Angélico no entendían por qué, de un momento a otro, se cuestionaba su quehacer.
La Tomística perdió su derecho a graduar y vio alterado su currículo “sospechoso”.
Nace entonces la Universidad Central —en las instalaciones del Colegio San Bartolomé— y comienza otro pleito de los dominicos para conservar sus centros educativos.
Gracias a esta, recuperaron ante la ley su universidad y en muy poco tiempo retomaron su liderazgo en la capital; tanto así que muchos docentes de la Central, que no había recibido el impulso económico necesario, contrataron con la Tomística aunque para ello debían hacer una donación a la Provincia de San Antonino.
Esperan los vientos favorables de la Regeneración… Bajo el liderazgo del prior provincial, Alberto Ariza, en 1943 comienza la construcción del nuevo Colegio Santo Tomás en el sector bogotano de Marly.
Paralelo al excelente desempeño del liceo, desde 1950 la revista Testimonio de los terciarios dominicos publicaba discusiones sobre la necesidad de una universidad que se preocupara por recuperar en los jóvenes los valores morales.
El mismísimo general Gustavo Rojas Pinilla, que apoyaba la idea, no pudo contribuir en las gestiones por la urgencia de responder a los ataques bipartidistas.
El éxito de esta estrategia impulsó además la regionalización que ya se venía gestando en el claustro, la cual se hace evidente hoy en día con los modernos centros educativos de Bogotá, Bucaramanga, Tunja, Villavicencio y Medellín.
La Bandera: Está compuesta por cinco franjas horizontales, tres verdes y dos blancas intercaladas, el escudo de la Universidad en la parte central.
El Sello: Fue elaborado para afirmar el origen pontificio de la institución con la bula fundacional “Romanux Pontifex” de 1580, auténtico mandato del papa Gregorio XIII y se utiliza en certificados y diplomas expedidos por la Universidad.