Durante los siglos XVI y XVII se convirtió en el gran centro de excelencia académica.[2] Estos estudios, si bien de manera bastante modesta, pervivieron a través del tiempo hasta enlazar con la refundación cisneriana.[3] [4] Estas últimas cátedras, susbsistentes de aquel Estudio General del siglo XIII, fueron integradas por Cisneros en la "nueva" universidad.[6][7][8][9]El término «complutense» proviene del nombre del asentamiento romano que da origen a la actual ciudad de Alcalá de Henares: Complutum, que se supone proviene del término confluvium (donde confluyen los ríos); si bien es esta una hipótesis cuestionada (el primer asentamiento de Complutum se hallaba en alto, apartado de cauces fluviales).Gracias a esta bula, el cardenal pudo fundar la institución, dotarla de todos los bienes materiales y económicos necesarios y se confirió oficialidad a los títulos expedidos por ésta.[15][16] Cisneros adecuó la universidad a la nueva época (la Edad Moderna), fomentando su participación activa en la sociedad y en las estructuras de poder, sin ser solo un centro exclusivo para el cultivo erudito del saber, como había estado recluido dentro de los muros de los conventos medievales.La Teología fue el eje central de la formación, siendo subsidiarias el resto de disciplinas: Derecho canónico, Filosofía, Medicina, Gramática, Retórica y las lenguas bíblicas.La Facultad de Teología organizó sus tres principales cátedras atendiendo a las tres escuelas más importantes de enseñanza teológica del siglo XV europeo: escotismo, nominalismo y tomismo.El Colegio Mayor de San Ildefonso fue su sede principal, y en el que se impartían las clases (siempre en latín).En los colegios laicos generalmente se vestía con un bonete, un manto, una beca y la rosca (adorno circular cosido a la beca) diferenciándose entre ellos por el color de las telas.Cisneros decidió en 1513 la creación de seis nuevos colegios, en general de orden independiente, a diferencia de otros fundados con posterioridad vinculados a las órdenes religiosas, aunque con una cierta dependencia del Mayor, ya que a veces se cursaban en ellos los primeros años.Los edificios que hasta entonces habían albergado la universidad del Cardenal Cisneros se subastaron y pasaron a manos particulares en 1845.
