Sin embargo, Naciones Unidas no reconoció la anexión y siguió considerando a Portugal como la potencia administradora legítima de Timor Oriental.Durante el proceso estalló un conflicto civil entre los diversos partidos políticos timorenses, prevaleciendo el "Frente Revolucionario para un Timor Oriental Independiente" (Fretilin) y pudiendo controlar la capital Dili, obligando al gobernador portugués y su personal a trasladar su asiento a la isla de Atauro.Sin embargo, Portugal no reconoció esa independencia, y el gobernador portugués siguió estando presente y administrando formalmente la provincia desde Atauro, aunque con una autoridad de facto limitada sobre el territorio restante de Timor Oriental.Las Naciones Unidas siguieron reconociendo a Portugal como potencia administradora legítima de Timor Oriental.[cita requerida] Al igual que con todas las provincias de Indonesia, la autoridad ejecutiva recaía en un gobernador (gubernur) y un vicegobernador (wakil gubernur) elegidos por el Consejo Regional Representativo del Pueblo (Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, DPRD) cada cinco años.
