Durante ese período, Portugal compartió la isla de Timor con las Indias Orientales Neerlandesas, y desde 1949 con Indonesia.

En 1556, un grupo de frailes dominicos se estableció en Lifau, el cual es considerado como el primer asentamiento portugués en la isla.

[1]​ A pesar de que Portugal fue neutral durante la Segunda Guerra Mundial, en diciembre de 1941, Timor Portugués fue ocupado por fuerzas australianas y neerlandesas, quienes esperaban una invasión por parte del Imperio japonés.

La Iglesia católica en Timor Oriental es la religión mayoritaria profesada por los timorenses, bien arraigada al interior de la sociedad nacional.

Los fieles católicos mantienen algunas tradiciones de la época colonial, como también otras han sido mezcladas con costumbres locales en un sincretismo religioso.