Los portugueses se instalaron en este territorio para cultivar las relaciones comerciales, ya que Timor poseía importantes recursos materiales, como la madera.
La población nativa de Timor estaba organizada en estamentos y jefaturas.
Portugal utilizó a Timor en sus inicios como lugar de exilio, donde habitaban los presos políticos y delincuentes comunes.
Cuando finalizó la guerra Japón se retiró de la isla cediendo el territorio a los portugueses, que continuaron con una colonización despreocupada.
El partido que adoptará en papel protagonista en este proceso fue el FRETILIN (Frente de Liberación de Timor Oriental Independiente), pero no logró inicialmente un apoyo completo.
Portugal rompió las relaciones diplomáticas con los invasores y anunció que no reconocía la acción.
Gerald Ford y su Secretario de Estado, Henry Kissinger, se habían reunido en Yakarta con el general Suharto, dando luz verde a la invasión.
siguió vendiendo armas a Indonesia, aunque finalmente este último acabó con el apoyo de EE. UU.
En 1999, el gobierno indonesio decidió, bajo fuertes presiones internacionales, convocar un referéndum sobre el futuro de Timor Oriental.
Sin embargo, violentos disturbios ocurrieron inmediatamente después de la votación, instigados por milicias anti-independentistas (ayudados por elementos del ejército indonesio).
La crisis comenzó con una serie de protestas y peticiones al gobierno realizadas por aproximadamente 600 miembros del ejército que argumentaban discriminación en las promociones al interior de la institución.
Los llamados “Peticionarios” al ser expulsados del ejército, se rebelaron y establecieron una pequeña pero significativa guerrilla contra el gobierno, tomando refugio en los distritos montañosos.