En 1966 Gusmão obtiene una posición de empleado público que le permite continuar con su educación.

En 1971, tuvo un cambio radical; completando su servicio militar, nació su hijo y se involucró con la organización nacionalista encabezada por José Ramos-Horta.

Durante los siguientes tres años estuvo involucrado en las protestas pacíficas contra el sistema colonial.

Durante la mayor parte de 1975, se produjo un amarga lucha interna entre dos facciones rivales en Timor Portugués.

Gusmão se involucró profundamente con la facción del FRETILIN (Frente Revolucionario de Timor-Leste Independiente), y que posteriormente fue arrestado y encarcelado por la facción rival la UDT (Unión Democrática Timorense) a mediados de 1975.

Aprovechando el desorden interno, y con el objetivo de absorber la colonia, Indonesia inmediatamente comenzó una campaña de desestabilización, y se organizaron frecuentes incursiones en Timor portugués desde Timor Occidental indonesio.

En ese momento Gusmão estaba visitando unos amigos en las afueras de Dili y observó la invasión desde las colinas.

Gusmão fue entrevistado por medios internacionales y llamó la atención al mundo entero.

Durante este tiempo fue visitado por representantes de las Naciones Unidas y dignatarios como Nelson Mandela.

Los militares indonesios comenzaron una campaña de terror que trajo consigo terribles consecuencias.