En los incidentes murieron unas 1,400 personas, y se tuvo que desplegar una fuerza de la ONU (la InterFET, formada principalmente por efectivos del ejército australiano) para pacificar la situación y mantener la paz.

[51]​ El ministro de Relaciones Exteriores Ali Alatas, describió los planes de autonomía por fases que conducen a una posible independencia como "todo dolor, no hay ganancia" para Indonesia.

Las autoridades indonesias afirmaron que no podían detener lo que afirmaban era violencia entre facciones rivales de Timor Oriental, pero Ramos-Horta se unió a muchos otros para burlarse de tales nociones.

Lo hemos escuchado constantemente a lo largo de los años del ejército indonesio en Timor".

[61]​ Al mismo tiempo, las tropas indonesias y las bandas paramilitares obligaron a más de 200,000 personas a ingresar en Timor Occidental, en campos descritos por Human Rights Watch como "condiciones deplorables".

[66]​ El General Wiranto del ejército indonesio insistió en que sus soldados tenían la situación bajo control y luego expresó su emoción por Timor Oriental cantando la exitosa canción de 1975 "Feelings" en un evento para esposas de militares.

Presidente Bill Clinton para apoyar una fuerza internacional de mantenimiento de la paz encabezada por Australia para ingresar a Timor Oriental y poner fin a la violencia.

Finalmente, el 11 de septiembre, Bill Clinton anunció:[69]​ Indonesia, en una situación económica desesperada]], cedió.

[70]​ La guarnición indonesia en el este de la isla era el Batallón 745, la mayor parte del cual fue retirado por mar, pero una compañía, tomando los vehículos y el equipo pesado del batallón, se retiró hacia el oeste a lo largo de la costa norte.

Se podría aprobar y desplegar una fuerza militar en la zona.

[71]​ La Fuerza Internacional para Timor Oriental, o INTERFET, bajo el mando del mayor general australiano Peter Cosgrove, entró en Dili el 20 de septiembre y el 31 de octubre las últimas tropas indonesias habían abandonado Timor Oriental.

[73]​ El 27 de septiembre del mismo año, Timor Oriental se unió a las Naciones Unidas como su estado miembro número 191.

[75]​ Estados Unidos brindó apoyo logístico y diplomático crucial durante toda la crisis, mientras que el crucero USS Mobile Bay operaba en mar abierto a distancia, mientras barcos australianos, canadienses y británicos entraban en Dili.

Por todo el mundo, y especialmente en Portugal, Australia y Estados Unidos, diversos activistas presionaron a sus gobiernos para que intervinieran, y el presidente norteamericano Bill Clinton llegó a amenazar a Indonesia, que pasaba una difícil situación económica, de retirarle los préstamos del Fondo Monetario Internacional.