Desde un comienzo, con la dirección de Isidro Ballester Tormo, el SIP quería conocer y ayudar en la tarea investigadora que se llevaba a cabo en las tres provincias valencianas, a través de excavaciones, estudios y publicaciones.
[cita requerida] Desde bien pronto, quedaron ligados a la institución nombres como Luis Pericot García, Mariano Jornet Perales, Gonzalo Viñes Masip, Salvador Espí Martí, etc.
Igualmente, la colaboración de figuras internacionales como por ejemplo Hugo Obermaier o Paul Wernert, ha sido clave en las investigaciones del SIP relacionadas con el arte rupestre y la cultura ibérica.
Durante la Guerra Civil la tarea de investigación arqueológica se paró en todas partes.
Luis Pericot García, Domingo Fletcher, Julián San Valero, Enrique Pla... son personajes destacados en la investigación arqueológica a nivel internacional y que hicieron mucho por el SIP y el Museo de Prehistoria de Valencia.
En época islámica se redujo a una torre de vigilancia vigía.