El Club Deportivo Pegaso fue fundado por la empresa de camiones Pegaso en 1962 y compitió cinco temporadas en Segunda División B y 26 en Tercera División.
Pegaso Tres Cantos disputó su último playoff de ascenso a Segunda B tras terminar 2º en el Grupo VII de Tercera División.
Jugadores que luego tuvieron una carrera deportiva consolidada en el fútbol profesional de alto nivel como Jaime Mata, Quique Sánchez Flores, Juan Sabas, Alfredo Santaelena, Carlos Cuéllar, Carlos Arroyo, José Antonio García Calvo o Miguel Hernández (Campeón Olímpico en Barcelona’92), vistieron la camiseta de la S.A.D.
Tras esto, se sucedieron los impagos y el club entró también en crisis de resultados descendiendo a Regional Preferente y desapareciendo en 2010.
El Pegaso Tres Cantos y el Galáctico Pegaso jugaban en el Estadio de La Foresta en Tres Cantos, con una capacidad aproximada de 2.000 espectadores.