Tras el dominio cartaginés, durante la segunda guerra púnica se libró en Santo Tomé, entonces quizá conocida como Baecula, la llamada batalla de Baecula, ganada por el general romano Escipión contra el cartaginés Asdrúbal Barca.
En el Museo Provincial se conservan varias lápidas y otros objetos de este periodo.
[4] En época musulmana fue una de las alquerías que se dieron en la zona y contaba con una torre para su protección.
La torre, mencionada en las crónicas cristianas inmediatas a la conquista, fue posteriormente transformada en campanario de la iglesia parroquial.
Tras la fundación del pueblo, la torre se anexó a la iglesia para ser reutilizada como campanario.
Junto a la iglesia, se encuentra la Casa Grande, la construcción civil con más antigüedad de la localidad (siglo XVI).
Por la mañana se celebra una misa en su honor y por la tarde su imagen es sacada en procesión por las calles de la localidad.
A 2 km del núcleo urbano se encuentra la Agrupación de Santo Tomé, también conocida como Montiel.