En el antiguo término municipal se han encontrado yacimientos prehistóricos al igual que en el cercano yacimiento prehistórico de La Peña de Estebanvela, existiendo un enterramiento del calcolítico y asentamientos neolíticos.
En la Edad Media, Santibáñez se repobló o fundó por el concejo de Ayllón sobre el siglo XI durante la Reconquista, perteneciendo desde entonces a la Comunidad de Villa y Tierra de Ayllón, que engloba pueblos de las actuales provincia de Segovia, Soria y Guadalajara, quedando Santibáñez encuadrado dentro del Sexmo del Río de esa comunidad al igual que Francos, Estebanvela y Grado del Pico.
Citada como Santibáñez de Aguisejo en el Diccionario de Sebastián Miñano, nombre que conservaría hasta 1845 y se debe a estar junto al río Aguisejo.
Anteriormente se conocía solo como Santibañez, nombre que proviene del latín Sanctus Iohannes, que significa San Juan.
[3][1] Tras sufrir un gran éxodo rural desde 1960 que redujo casi en cincuenta veces su población, actualmente cuenta con alojamientos de turismo rural.