Se emparentaría con las familias encomenderas más importantes de dicha ciudad y tendría un rol destacado en su gobierno durante nueve años.La familia Salazar era notable en este solar puesto que contaban con una capilla y enterramiento propio en la iglesia local.Por esta razón su hijo, Gabriel Niño de Guzmán cambiaría su apellido Salazar.[1] Antes de ir a América Rodrigo tenía treinta años, con una familia forjada, hijos, bienes, todo lo que abandonó por ir al nuevo Mundo.A pesar de no haber participado en la conquista del Incario, a su llegada encontró una guerra civil entre conquistadores lo que le permitió destacar y mostrar su méritos con el fin de ganar fama y riqueza.Por estar razones se alzaría Salazar para recuperar la gobernación de Quito a favor del rey.Participaron en este concierto Hermosilla, Tyrado, Morillo y otros soldados en los que Salazar tenía confianza.Puelles aceptó por lo que Salazar llamó entonces a Morillo por su nombre; quien entraría muy reservado con la gorra en la mano y comenzó a acercarse lo más posible al lecho del gobernador para hacer su petición.Todos juraron fidelidad al rey y ofrecieron sacrificar sus vidas para defender su causa contra el traidor Gonzalo Pizarro.[3] Posteriormente nombraría a alcaldes, concejales, administradores, fiscales y tesoreros, con los que instaló el Cabildo.Y al día siguiente, el Cabildo a su vez le eligió vicegobernador.Todos estos nombramientos estaban sujetos a condiciones, siempre que fueran autorizados por el presidente La Gasca.Dejó en su lugar como primer magistrado al alcalde Pedro de Valverde.Por esto optaría por la experiencia que contaban los indígenas con los textiles y buscaría concertar un obraje de importantes dimensiones.De esta forma buscaba terminar con la dificultad para gravar impuestos a esta comunidad y con el rezago en que se encontraban.En la capilla mayor de este monasterio costeo una capilla cerca del altar mayor con advocación a Nuestra Señora del Rosario, San Francisco y Santa Marta.En castilla fundó tres capellanías: en Vallecas, en Yepes y en el Monasterio de la Piedad.Por esta actividad como "pacificador" sería después juzgado por la historiografía contemporánea por maltrato de indígenas.Además, fue acusado varias veces de haber formado parte del lado pizarrista y que solo posteriormente sería fiel al Rey.A su testamento se basaran los Otavalo, Collaguazo y Pillajo, así como Felipe Puento y sus sucesores para demostrar la legitimidad de la posesión de tierras en su encomienda, pues también dejaría en herencia a indígenas que habían trabajado en el obraje.
