Durante la colonización española, ambas naciones formaron parte del Virreinato de Nueva España.
En reciprocidad, el presidente salvadoreño Carlos Meléndez envió cinco mil fusiles y un pequeño grupo de hombres según lo solicitado por el Gobierno mexicano para que se unieran a las fuerzas constitucionalistas y luchar contra Victoriano Huerta.
Durante la guerra, varios miles de ciudadanos salvadoreños huyeron del país a México, donde muchos se quedaron o siguieron adelante hacia los Estados Unidos.
Desde entonces, tanto Costa Rica como Nicaragua se han sumado al acuerdo de libre comercio.
[10] En 2023, México fue el segundo mayor inversionista extranjero directo en El Salvador con US$94 millones invertidos en el país.
[11] Varias compañías multinacionales mexicanas como América Móvil, Cemex, Grupo Bimbo, Gruma y Sigma Alimentos (entre otras) operan en El Salvador.