Su administración se caracterizó por un estrecho alineamiento con los Estados Unidos, incluida la adopción del dólar estadounidense.

Se estima que fueron 250,000 salvadoreños los beneficiados por el Estatus de Protección Temporal (TPS por sus siglas en inglés).

El enfrentamiento Flores-Castro, en esa cumbre, le dio al presidente salvadoreño un apoyo decidido por parte de los Estados Unidos.

En cuanto a la población de El Salvador, la actuación del presidente Flores en la cumbre, fue juzgada en forma dividida por opositores y partidarios.

Después empezó a dirigir la "Fundación Internacional para la Libertad" con sede en Estados Unidos y cuyo presidente es el escritor peruano Mario Vargas Llosa, y su fin sería "luchar" contra la ideología marxista-leninista en América Latina.

Fue beneficiario de varias sociedades creadas en Panamá en 2005 y en las Islas Vírgenes Británicas en 2006.

[12]​ El caso ganó notoriedad cuando en noviembre de 2013, Mauricio Funes, presidente de El Salvador en ese momento hizo público en su programa radial, que tenía una copia del documento en el que se investigaba a Francisco Flores, hecho que fue señalado por numerosos miembros de ARENA como una persecución política, posteriormente Flores fue citado por la Asamblea Legislativa de El Salvador para responder una serie de preguntas al respecto, Francisco Flores aceptó asistir a las dos primeras comparecencias, pero se rehusó a asistir a la tercera, por lo que la Asamblea decidió convocarlo por apremio y solicitó a la Policía Nacional Civil de El Salvador ubicar al expresidente.

[17]​ La mañana del viernes 9 de mayo de 2014, la INTERPOL coloca en su sitio web la difusión roja del expresidente Flores, para proceder a su captura en los 190 países asociados a esta organización.

Luego de celebrada la audiencia especial, el juez Levis Italmir Orellana decretó arresto domiciliario mientras continuaban las investigaciones, decisión que fue duramente criticada por algunos funcionarios salvadoreños.

Fue beneficiario de varias empresas creadas en Panamá en 2005 y en las Islas Vírgenes Británicas en 2006.