El 22 de diciembre de 2015, Flores sufrió una hemorragia interna por lo que tuvo que ser trasladado a un hospital privado.
[1] El 24 de enero de 2016, mientras se encontraba en su domicilio particular, Francisco Flores se desmayó debido a que había sufrido un derrame cerebral causado por una obstrucción arterial.
[2] El informe médico señalaba que los doctores le habían diagnosticado un coágulo de sangre en una arteria que lamentablemente lo inmovilizó la parte derecha de todo su cuerpo y lo mantuvo sin respuesta a estímulos.
Es debido a eso que Francisco Flores habría sufrido una obstrucción que lo llevó a un derrame y posteriormente un paro cardíaco.
Ya una vez en el hospital, el expresidente estuvo en una situación de estado de coma, permaneciendo durante 6 días seguidos conectado a un respirador artificial.