Este pueblo también se ubicó en las planicies cercanas al río Parrita, donde la tierra es llana y cultivable, en contraste con la zona montañosa donde se ubica la actual ciudad de Quepos.
Ambos pueblos se encuentran, a su vez, emparentados con los muiscas de Colombia, y pertenecen a la región arqueológica del Pacífico sur de Costa Rica, en la llamada Área Intermedia.
En sus crónicas, Ponce de León describe que desde la costa pudo observar a cerca de 1000 guerreros lanzando gritos de guerra y agitando sus lanzas en forma amenazadora, lo que causó que los describiera como «indios bravos» en una carta enviada al rey Felipe II, y decidió no descender a tierra.
Estos guerreros habían secuestrado a la hermana del rey, Dulcehe, posiblemente en una disputa de linaje, pues los derechos de herencia real entre estos pueblos se daban por vía matrilineal.
La población de quepos y borucas fue disminuyendo en los siglos posteriores por diferentes razones: conflictos locales entre los distintos grupos indígenas, presiones por parte de los españoles que los hizo desplazarse a las zonas montañosas menos fértiles, mezclas consanguíneas y mestizaje tanto con españoles como con otros grupos indígenas, nuevas enfermedades provenientes del Viejo Mundo, su venta como esclavos a Nicaragua, etc. Para inicios del siglo XVII, solamente quedaban unos 250 individuos.
En 1659, solamente se registraron 18 individuos que pertenecían a la etnia quepoa en un censo realizado en el Corregimiento de Quepo, que fue suprimido en 1660 y agregado a la gobernación de Costa Rica.
Entre 1709 y 1722, la región fue blanco de incursiones piratas, sobre todo por parte del inglés John Clipperton, quien hizo amistad con los quepoa, aprendió su idioma e incluso se refugiaba entre ellos después de sus fechorías en Panamá.
Consideraban sagrada la isla Mogote, ubicada frente a la playa de Manuel Antonio.