Los estudios arqueológicos que aquí se han llevado a cabo han demostrado que Costa Rica y en especial este sitio, recibió influencias tanto del Norte como de Sudamérica, ubicándolo en la denominada Área Intermedia, que abarca desde la provincia de Alajuela en Costa Rica hasta la zona norte del Caribe colombiano.

Los arqueólogos infieren que esta ciudad precolombina fue habitada por personas especializadas en distintos campos, dirigidos por un cacique, los cuales ejercían el poder político-religioso sobre una gran región.

En 1973, el Gobierno consciente de su importancia dio carácter de área protegida, iniciando con 65 hectáreas y ampliándola a 217 hectáreas en 1980 para ampliar la protección al hábitat boscoso del cañón del río Guayabo.

Las piezas de oro y cerámica más valiosas se encuentran actualmente en el Museo Nacional.

En total el área arqueológica comprende con 232 hectáreas, de las cuales sólo una pequeña parte ha sido excavada.

En esta zona se encuentran distintos rasgos arqueológicos como montículos, escalinatas, calzadas, acueductos abiertos y cerrados, tanques de almacenamiento de agua, tumbas, petroglifos, monolitos y esculturas.

Ha incrementado el interés el hecho de algunos estudiosos han vinculado Guayabo con el intercambio cultural en casi toda la América precolombina.