La prefectura apostólica de la Patagonia Meridional, Tierra del Fuego e Islas Malvinas o de la Patagonia Meridional (en latín: Praefectura Apostolica Patagoniae Meridionalis) es una jurisdicción eclesiástica suprimida de la Iglesia católica en Argentina, Chile y las islas Malvinas, que estuvo regida por la congregación salesiana.

El breve que creó la prefectura apostólica definió su territorio como incluyendo la Patagonia meridional, las islas Malvinas y las islas cercanas al estrecho de Magallanes.

El Orbis terrarum Catholicus publicado por Oscar Werner en 1890 precisa que el límite sur del vicariato apostólico de la Patagonia Septentrional era el río Chubut.

La jurisdicción eclesiástica sobre la Patagonia no estaba definida y fue asumida por la arquidiócesis de Buenos Aires por el lado argentino y por la diócesis de Ancud por el lado chileno, a medida que la ocupación se hacía efectiva.

Entre otras ideas Don Bosco pensó en establecer una colonia de italianos para facilitar la evangelización de las regiones australes, en áreas que creía no pertenecían a ningún país.

[4]​ En 1878 Don Bosco nombró a Francesco Bodratto como inspector de América (provincial salesiano) con sede en Buenos Aires, quien inició gestiones ante el Gobierno argentino para que concediera tierras patagónicas a la congregación con la intención de establecer colonias, pidiendo la competencia misional exclusiva.

La Santa Sede nunca reconoció ese derecho y su independencia recibió muchas limitaciones hasta el establecimiento del modus vivendi hacia 1860, por el cual el Gobierno argentino ejercía de hecho el patronato y la Santa Sede homologaba sus decisiones sin mencionar en las bulas al Gobierno ni reconocer el patronato.

A su regreso escribió cartas al arzobispo y al Gobierno expresando su plan de acción, que incluía la creación de dos colegios y solicitando 25 000 ha para ello.

En vano también los salesianos intentaron que se reconocieran las dos jurisdicciones dependientes de sus misioneros.

[11]​ De esta forma, el sector argentino de la prefectura apostólica fue tácitamente separado de ella por la Santa Sede e ignorado por el Gobierno argentino, sin embargo, se llegó a un acuerdo según el cual, mientras el arzobispo no tuviese sacerdotes para enviar a los territorios nacionales del sur, el vicariato apostólico y la prefectura apostólica continuarían en manos de los salesianos.