Bajo el pontificado del papa León XIII, la Santa Sede erigió para estas regiones australes, circunscripciones eclesiásticas de carecer misionero.

[2]​[3]​ Bajo el lema del fundador, “civilizar evangelizando y evangelizar civilizando”, Fagnano, en los treinta años de su gobierno pastoral, realizó una obra cuyos frutos dieron lugar luego a diócesis de Punta Arenas.

La prefectura apostólica incluía tanto la parte chilena como la argentina de la Patagonia Austral (cuyas fronteras aún no habían sido definidas), y también las islas Malvinas, bajo administración del Reino Unido.

Los principales centros misioneros fueron Punta Arenas en la costa del océano Pacífico y Río Gallegos en la costa del océano Atlántico, mientras que entre los indígenas la misión de San Rafael en la isla Dawson y la de Cabo Peñas (hoy en el departamento de Río Grande en la Tierra del Fuego argentina).

Al renunciar este último al cargo por motivos de salud, la Santa Sede optó por confiar el vicariato a sacerdotes con el rango de administradores apostólicos.

En 1949 se hizo cargo de la diócesis el recién consagrado obispo Vladimiro Boric Crnosija, también magallánico, quien casi por 25 años guio los destinos espirituales de su grey, hasta su muerte en 1973.