El vicariato apostólico de la Patagonia Septentrional (en latín: Vicariatus Apostolicus Patagoniae Septentrionalis) es una jurisdicción eclesiástica suprimida de la Iglesia católica en Argentina, que estuvo regida por la congregación salesiana.

En esta iglesia en 1964 fueron enterrados los restos del obispo Juan Cagliero, trasladados desde Italia.

La jurisdicción eclesiástica sobre la Patagonia no estaba definida y fue asumida por la arquidiócesis de Buenos Aires por el lado argentino y por la diócesis de Ancud por el lado chileno, a medida que la ocupación se hacía efectiva.

En 1879 Julio Argentino Roca llevó adelante la campaña militar hacia el río Negro, viajando con el ejército el sacerdote salesiano Santiago Costamagna y el clérigo Luis Botta.

[5]​ Entre otras ideas Don Bosco pensó en establecer una colonia de italianos para facilitar la evangelización de las regiones australes, en áreas que creía no pertenecían a ningún país.

En vano también los salesianos intentaron que se reconocieran las dos jurisdicciones dependientes de sus misioneros.

[12]​ De esta forma, el vicariato apostólico fue suprimido tácitamente por la Santa Sede e ignorado por el Gobierno argentino, sin embargo, se llegó a un acuerdo según el cual, mientras el arzobispo no tuviese sacerdotes para enviar a los territorios nacionales del sur, el vicariato apostólico y la prefectura apostólica continuarían en manos de los salesianos.

[2]​ Sin renunciar nunca al cargo de vicario apostólico, Juan Cagliero regresó definitivamente a Italia en julio de 1904, confiando la misión a dos previcarios, Esteban Pagliere y Bernardo Vacchina.

De esta forma el vicariato apostólico desapareció, pero los salesianos continuaron con su misión patagónica.