La amistad surgida entre ambos y la colaboración en los asuntos misionales se afianzaron cuando el entonces Papa León XIII designó en 1883 a Fagnano a cargo de la Prefectura Apostólica de la Patagonia Meridional, la Tierra del Fuego y las Islas Malvinas.

Ese mismo año se celebró la Exposición Universal de París, donde once nativos fueguinos fueron expuestos a tratos inhumanos y mostrados como artículos exóticos.

En 1890 relata el suceso a su superior y Rector General de la Congregación Salesiana, Michele Rua, en una carta fechada desde Punta Arenas.

Los indígenas selknam sobrevivientes serán confinados en la misión de San Rafael en isla Dawson, donde morirán al poco tiempo.

En 1915 aparece en Buenos Aires su tercera publicación: Los Onas: tradiciones, costumbres y lengua.

Seis años más tarde su cuarto y último escrito: Leyendas onas, publicado en Puerto Deseado, lugar de asiento en ese tiempo y donde fundó, en 1926, el Colegio Salesiano San José.