Posee varias islas, siendo la más grande e importante por su actividad turística la isla Victoria, de 31 km².
En el siglo XVI la zona estaba poblada por pueblos de estirpe patagona conocidos como vuriloche (‘gente del otro lado’).
Se presume que este nombre alude al tótem de una familia puelche que pobló la zona o quizás a la comparación de aquellos indígenas con los yaguaretés por su audacia y valentía.
Desde fines del siglo XIX no existen yaguaretés en la Patagonia norte al ser estos exterminados por los mapuches y colonos, sin embargo los yaguares (nahuel) habitaron la Patagonia Oriental hasta aproximadamente el río Chubut.
Antiguas leyendas indígenas aseguraban que el Nahuel Huapi albergaba a una gigantesca criatura.
Las orillas del lago se encuentran pobladas por especies vegetales de lugares húmedos y secos como los arrayanes y pataguas, árboles semipalustres que forman parte del bosque andino patagónico, mientras que al oeste lo rodea una exuberante Selva Valdiviana y al extremo sudeste lo rodea un semidesierto llamado Estepa patagónica.
Las estaciones cálidas atraen al Parque a ciertas aves de permanencia estacional, como el fío-fío (Elaenia albiceps), la bandurria o los cauquenes.
Por estas razones, se permite la pesca reglamentada y autorizada en distintas temporadas por la intendencia del parque nacional.
Los más caudalosos proceden a su vez de otros lagos, tales como el Espejo, Correntoso, Gallardo, Frías, Frey, Moreno y Gutiérrez.
Las precipitaciones (lluvias y nieve) caen abundantemente, con una disminución progresiva hacia el este.
[7] Un estudio sobre sus sedimentos encontró mayores concentraciones de algunos metales pesados en comparación con otros lagos.
Moluscos recolectados en la zona presentaban una alta concentración comparada con otros colectados en el lago Traful, tomado como testigo.