Personalmente visitó varias naciones como Sucesor de Don Bosco, especialmente en Europa.Juan Bautista falleció cuando Miguel tenía siete años de edad, pero en ese mismo año, 1845, el niño se encontraría con quien sería su segundo padre por el resto de su vida: Don Bosco.Esa misma escuela fue frecuentada por Don Bosco como confesor y desde entonces Miguel lo escogió como su director espiritual.En 1850, cuando Don Bosco ya estaba establecido en la Casa Pinardi (desde 1846), Miguel terminó sus estudios primarios con los Hermanos Cristianos y Don Bosco le preguntó si quería ser sacerdote, a lo que el adolescente respondió positivamente.En febrero de 1858 Don Bosco eligió al joven Miguel Rúa como su secretario en las tres audiencias que tendría con papa Pío IX.Tenía 23 años de edad y debido a que los salesianos no habían recibido la aprobación eclesial, fue ordenado como sacerdote diocesano.Miguel fue delegado como su director —tenía solo 26 años— y dicha casa daría numerosas vocaciones juveniles a la Congregación durante sus primeras décadas.Quedaba encargado de continuar la obra del santo educador y su cercanía a este lo convertían en la persona más indicada.[9] Las palabras del papa León XIII eran muy importantes, porque Don Bosco no había dejado una regulación que sucediera su autoridad.[10] Sus comentarios y sugerencias venían siempre acompañados por frases tales como «Don Bosco decía...», «Don Bosco enseña que...», que significaba su compromiso con la continuidad del carisma salesiano del fundador.En 1891 comenzó las gestiones para la beatificación y canonización de Don Bosco, bajo sugerencia del mismo papa León XIII.Este mismo año se abrieron las casas salesianas en Palestina que son tenidas como la primera presencia en Asia, también se abrió una casa en Argelia, lo que significó el ingreso de los salesianos en África.Dicha fundación abrió el carisma salesiano a la realidad de los jóvenes enfermos y aunque Variara tuvo una gran oposición inicial por parte de sus superiores en Colombia, Don Rúa conservó un prudente respaldo a su obra.