Estudió botánica, física y farmacología en la Universidad de Gotinga con Friedrich Wöhler (1800-1882), William Eduard Weber (1804-1891), y Wilhelm Rudolph Fittig (1835-1910).
En Berlín estudió con Alexander Braun (1805-1877), y fue asistente de Nathanael Pringsheim (1823-1894).
En 1877, mientras investigaba el metabolismo vegetal, Pfeffer desarrolló una membrana semiporosa para estudiar el fenómeno de la ósmosis.
[1] Durante su permanencia en Leipzig, Pfeffer publicó un artículo sobre el uso de la fotografía en el estudio del crecimiento vegetal.
Más tarde, la fotografía time-lapse se convertiría en un procedimiento común.