En 1805 fue trasladado a América del Sur, donde ocupó cargos secundarios y posteriormente el virrey del Perú José Fernando de Abascal lo nombró Director de la Artillería Real, que reorganizó profundamente.
Fijó su cuartel general en Cotagaita, desde donde envió a su segundo jefe, el general Juan Ramírez Orozco, con más de la mitad de sus fuerzas, a aplastar la rebelión del Cuzco, que había logrado controlar no solo esa ciudad, sino también La Paz y Arequipa, entre otras.
Cuando el general José Rondeau inició la tercera expedición auxiliadora al Alto Perú, debió retirarse hacia el norte.
Pero cuando el general San Martín derrotó a Osorio en la batalla de Maipú retiró las fuerzas realistas de Chile y dejó que la causa del rey fuera defendida por guerrillas irregulares y por indígenas mapuches.
Durante dos años se limitó a apoyar al ejército que operaba en el Alto Perú y a lanzar expediciones cada vez más débiles sobre Salta, mientras aguardaba el esperado ataque de San Martín desde Chile.
Desde allí, San Martín lanzó la Primera campaña de Arenales a la sierra del Perú que recorrió el territorio de sur a norte, mientras el resto del ejército se instalaba en Huaura.
[1] En 1793, contrajo matrimonio en Santander (España) con Ángela de Ceballos y Olarría, con la cual tuvo a: