El museo se fundó en lo que era la parte residencial del convento de Santa Inés en la época colonial.
La sala residencia se convirtió en la propiedad privada, que funcionó principalmente como viviendas hasta que el artista plástico José Luis Cuevas compró la propiedad con la intención de restaurarla y establecer el actual museo dedicado a su arte y al arte contemporáneo de América Latina.
En 1710, su única torre fue construida, que era lo suficientemente alta como para ser vista desde la plaza principal de la ciudad.
Esta iglesia es considerada como una mezcla de estilos entre barroco mexicano y Neoclásico.
[6] La iglesia tiene dos portales, uno dedicado a Santa Inés y el otro al Apóstol Santiago el Mayor.
Después de decidirse por el viejo edificio del convento y haber trasladado a los inquilinos que vivían allí en 1983, Cuevas, junto con las agencias gubernamentales y partidarios privados comenzó a restaurar el edificio y realizar el trabajo arqueológico, que reveló muchas de las construcciones más antiguas del convento.
[1] A pesar de que el edificio fue restaurado a su aspecto colonial, el proyecto del arquitecto Alejandro Rivadeneyra propuso una intervención contemporánea, enmarcada por una cubierta de acero y cristal en el patio central.
[2] La colección del museo está constituido por 1860 obras, de diferentes artistas plásticos como:[7]