Dos meses después se unió a las SS, con el carné número 15 541, ascendiendo rápidamente en la jerarquía.
Fue asignado a la SS-Stabswache Berlin, que estableció su primera guardia en la primigenia sede de la Cancillería del Reich.
[1][3] Con la fusión, Mohnke fue transferido al 2° Batallón y se le otorgó el mando de la 3.ª Compañía.
[4] Fue admitido en la elitista 1.ª División Leibstandarte SS Adolf Hitler donde ascendió rápidamente en el escalafón.
Él le contó al historiador Fischer que, a veces, tenía que tomar analgésicos fuertes, como morfina, debido al severo dolor en su acortada pierna derecha (a causa de las heridas recibidas en abril de 1941), pero se desconoce si estos medicamentos influenciaron su toma de decisiones.
Como entonces estaba "lo suficientemente libre de dolor", el SS-Obersturmbannführer Kurt Meyer le dijo que tomase un mando en la 12.ª División Panzer SS Hitlerjugend.
Esta compañía hizo que el 26° Regimiento Panzergrenadier SS fuese una singular fuerza de combate.
Mientras que la 12.ª División Panzer SS luchaba por mantener abierto la Bolsa de Falaise, donde la división tuvo unas bajas estimadas de 40%-50%, Mohnke retiró su Kampfgruppe al este del río Dives.
Mientras la situación en Normandía se iba deteriorando para Alemania y el frente era empujado hacia el Sena, Mohnke fue uno de los pocos que lideró una resistencia organizada en la orilla occidental a fin de proteger los puentes ubicados ahí.
[16] En la tarde del mismo día, el Kampfgruppe de Peiper se enfrentó a la 99.ª División estadounidense en Stavelot.
La división de Mohnke estaba retrasada por lo menos 36 horas hacia el fin del segundo día.
[16] Para entonces, los Aliados habían reagrupado sus fuerzas y estaban listos para repeler cualquier ataque alemán.
[17] Mohnke fue herido durante un bombardeo aéreo, además de recibir daños en el oído.
[20] Estos se enfrentaban a un número superior de soldados del Ejército Rojo.
El hombre estaba en pésima forma - lloriqueaba, suspiraba, vomitaba, temblaba como una hoja de álamo...
Pero el Manual del Ejército Alemán afirma claramente que ningún soldado alemán puede ser enjuiciado a menos que esté física y mentalmente apto, en condiciones de oír la evidencia en su contra...
Así que entregué a Fegelein al general SS Rattenhuber y su escuadra de seguridad.
[28] El grupo de Mohnke incluía a las secretarias Traudl Junge, Gerda Christian, Else Krüger, la dietista nutricionista de Hitler Constanze Manziarly, Ernst-Günther Schenck, Walther Hewel y otros más.
[29] Mohnke planeó huir en dirección al Ejército alemán, que estaba posicionado en Prinzenallee.
En la noche del 3 de mayo, Mohnke y los demás oficiales fueron entregados al NKVD.
[35] También hubo una campaña liderada por el Miembro del Parlamento británico Jeff Rooker, para enjuiciar a Mohnke por su supuesta participación en crímenes de guerra durante las primeras etapas de la Segunda Guerra Mundial.