En 1931, Günsche ingresa a las Juventudes Hitlerianas y en 1934, debido a su elevada estatura (2,00 metros) y su aspecto ario, además de otras aptitudes, hace que sea aceptado en las selectas filas de la división Leibstandarte Adolf Hitler de las SS con el número 257.773; en 1935 se afilia como miembro al Partido Nazi con el número de ficha 3.601.524.

En 1936, fue ascendido a SS Obersturmführer (teniente) y asignado al Begleitkommando SS des Führers en la Guardia Personal del Führer como ordenanza.

Nuevamente sirve como ayudante personal de Hitler, ese año es ascendido a SS Sturmbannführer (mayor) y sale ileso del Atentado de Stauffenberg en la Guarida del Lobo.

Se fugó a la República Federal de Alemania donde fijó su residencia.

Günsche junto a Gerda Christian, con quien mantuvo contacto, fueron unos de los pocos miembros personales de Hitler que se negaron a brindar detalles públicos de sus vivencias durante el Tercer Reich y que no escribieron memorias o publicaciones posguerra sobre Hitler.