[3] Nació en Villava[4][nota 1] San José se formó en las categorías inferiores del U. D. C Chantrea navarro y en el C. D. Ardoi, club convenido, hasta los dieciséis años que se incorporó al Athletic Club.
En 2007, cuando jugaba en el equipo juvenil entrenado por Julen Guerrero, aceptó una oferta del Liverpool F. C. a cambio de 400 000 euros para el club vasco y 120 000 euros para el jugador en tres temporadas.
[10] Los primeros meses en el Athletic los pasó en un segundo plano, debido a que el entrenador, Joaquín Caparrós, continuó alineando la misma defensa del año anterior ante los buenos resultados que esta estaba dando y solo jugó los minutos finales de dos partidos.
La decisión del club inglés de no renovar a Rafa Benítez facilitó, en gran medida, que el Liverpool no opusiera demasiada resistencia en las negociaciones para intentar retener al jugador, ya que el principal interesado en que San José regresara al Liverpool era el propio entrenador.
[15] La temporada 2014-2015 supuso un cambio radical, ya que además de debutar en la selección, se afianzó en el doble pivote del centro del campo junto a Beñat.
Cabe destacar el gol que anotó al Shakhtar Donetsk, que supuso la primera victoria del Athletic en Liga de Campeones a domicilio[17] y el gol que anotó ante el Elche en la jornada 37 (2-3) para empatar a 2-2 en el minuto 87, con una espectacular volea desde fuera del área.
[19] Con su gol en la Supercopa, consiguió un registro histórico –solo igualado por Aritz Aduriz en el club– al conseguir marcar en cinco competiciones diferentes con el club bilbaíno.
En la temporada 2015-16 batió su récord de partidos disputados, con 51, casi todos como titular.
Además, fue capitán por primera vez y fue convocado para la Eurocopa 2016.