Ingresó en los alevines del Athletic Club en 1998 y fue promocionando en todas las categorías inferiores, compartiendo vestuario desde su inicio con Markel Susaeta.

En época cadete jugó una final contra el F. C. Barcelona de Messi, Gerard Piqué y Cesc Fàbregas.

[2]​ En el verano de 2010, cuando el Real Betis se encontraba en Segunda División, Pepe Mel no contó con Beñat en la pretemporada, sin embargo al lesionarse antes del primer partido de Liga varios jugadores como Arzu, Juande o Cañas, fue subido al primer equipo.

Tuvo un papel decisivo en el ascenso verdiblanco jugando 36 partidos y marcando cuatro goles.

Según manifestó Mel, «...en Segunda, creció mucho y aprendió lo que le faltaba, el oficio de ser futbolista».

En la tercera jornada, frente al Athletic Club, marcó su primer gol en Primera División con un disparo de falta directa.

[5]​ Beñat se consagró en Primera, con 35 encuentros y 6 goles, que le permitieron ser convocado por la selección española.

[6]​ Finalmente, Beñat continuó en el Real Betis, y aunque su temporada no es tan buena, consiguió alcanzar unas estadísticas notables, destacando las 7 asistencias y los 4 goles que firma en los 34 partidos que disputa, siendo titular en 33 de ellos.

[9]​ El precio del fichaje se estimó en 8'5 millones más 0'5 en variables.

Su primera temporada se tradujo en 27 partidos disputados, 3 asistencias y solo un gol.

[23]​ El 29 de junio anunció su retirada como futbolista en un comunicado conjunto con Markel Susaeta.

[28]​[29]​ Disputó dos amistosos más completos con la Selección; en septiembre ante Arabia Saudita y en noviembre ante Panamá.