Se formó en la cantera del C. D. River Ega de Andosilla, su localidad natal.

De cara a la temporada 2002-03 ascendió definitivamente al primer equipo tras cuatro años en la cantera rojiblanca.

[11]​[12]​ En 2003, junto a los navarros del Athletic Club Tiko e Ismael Urzaiz, Gurpegi renunció a una convocatoria de la selección autonómica navarra para jugar con Euskadi, que disputaba un partido en la misma fecha.

[15]​ Al término de la misma pasó a realizar funciones como embajador institucional del club rojiblanco.

El retraso en el análisis provoca, entre otras cosas, alcalinización y salinización de la orina.

El laboratorio madrileño que analizó la muestra de orina, fue sancionado en 2012 por la AMA debido a irregularidades.

En abril, el Comité Español de Disciplina Deportiva (CEDD) deja sin efecto la suspensión cautelar y Gurpegi vuelve a jugar tras haberse perdido 6 partidos.

El Athletic Club recurre ante el CA alegando que el deportista genera esa sustancia de forma endógena, y dicho comité suspende cautelarmente la ejecución de la sanción, Carlos vuelve a jugar tras haberse perdido otros 3 partidos.

Durante el tiempo que está sin licencia federativa, el club rojiblanco no le da de baja, ni retira su ficha y dorsal.