[2]​ La marca «Caja Duero» se mantuvo en las oficinas de Caja España-Duero y, posteriormente, de EspañaDuero; hasta que este fue absorbido por Unicaja Banco y se rotularon como "Unicaja Banco".

En junio del año 2000, Caja Duero integró la red de oficinas que, hasta esa fecha, tenía en España el banco francés Crédit Lyonnais, alcanzando desde entonces el ámbito nacional.

En 2009, se intentó la fusión con otras cajas de Castilla y León.

Desde 1991, la Caja formó parte del Grupo EGFI (European Group of Financial Institutions).

[10]​ En mayo de 2014, el juez amplió los imputados en Caja Duero por el conocido 'caso Nozar'.