Bungle, Tomahawk, Lovage, Fantômas, The Dillinger Escape Plan y Peeping Tom, entre otras bandas.
También ha tenido proyectos con artistas como John Zorn, Sepultura, Melvins, Melt-Banana, Björk y Kool Keith.
Bungle, junto a Trevor Dunn (bajista), Trey Spruance (guitarrista) y Jed Watts (batería).
Durante los siguientes años lanzan varios demos, The Raging Wrath of the Easter Bunny, Goddammit I Love America, Bowel of Chiley y OU818 (el cual contenía canciones que luego aparecerían en su primer disco).
La banda se separó oficialmente en 1998 en un concierto que dieron en la ciudad española de Granada en la X edición del festival Espárrago Rock.
Bungle se hace muy esporádico dada la nutrida agenda de Patton junto a Faith No More realizando constantemente giras con alguno delos dos grupos.
(Adult Themes for Voice en 1996 realizado únicamente usando su voz en una grabadora de cuatro pistas y Pranzo Oltranzista en 1997).
En 1998 tras la disolución de Faith No More, Patton comenzará a concretar un nuevo proyecto llamado Fantômas.
En 1999, junto a Greck Werckman, fundará un sello discográfico llamado “Ipecac Recordings”, el que fue inaugurado con el lanzamiento del primer disco de Fantômas, titulado homónimamente (se le suele llamar “Amenaza Al Mundo” debido a la imagen que aparece en la carátula, pero oficialmente fue titulado con el nombre del grupo), en Ipecac Patton continuara lanzando la mayoría de sus trabajos y colaboraciones.
En 2007, Tomahawk publica Anonymus, un disco compuesto por Duane Denison adaptando música de diferentes pueblos nativos americanos.
En 2002, Patton se unió a The Dillinger Escape Plan, quienes ya habían sido teloneros de Mr.
Lanzaron el EP "Irony is a Dead Scene" vía Epitaph Records, que contiene 4 canciones, entre ellas, un cover del artista electrónico Aphex Twin "Come to Daddy", la colaboración con Jhon Zorn e Ikue Mori lanzan el debut de Hemophiliac.
Ipecac continúa apoyando artistas emergentes desde Latinoamérica hasta Japón en una constante búsqueda de nuevas propuestas, se vuelve un referente junto a muchos sellos independientes en la posibilidad de darle al artista libertad creativa y control sobre su obra.
Con Peeping Tom Patton logra reenfocar su nuevo trabajo hacia la cultura pop, componiendo temas para colaborar específicamente en su ejecución con artistas trip hop como Norah Jones, Massive Attack, Kid Koala, Kool Keith Rhazel, Dub Trio y Bebel Gilberto.
Patton continuo como siempre fue común en los conciertos de Faith no More interpretando diferentes artistas y diferente idiomas, muchas veces siendo artistas locales en los lugares donde se presentaban, como Antônio Carlos Jobim, Quirino Mendoza y Cortés, un tema serbio tradicional, Jaques Dutronc, Lady Gaga, Lily Allen, Crowded House y Michael Jackson, Boz Scaggs o The Brothers Johnson.
En 2017, Dead Cross junto a Michael Crain (Retox), Dave Lombardo (Slayer y Fantomas), Justin Pearson (The Locust), con el cual comentó que lo pensó dos veces ya que hacer hardcore punk a su edad no sería fácil, pero en la misma llamada aceptó la propuesta, en 2018 realiza la banda sonora de 1922 película adaptando la novela de Stephen King.