Durante la década de los 90, Bebel colaboró con muchas estrellas musicales como Arto Lindsay, Thievery Corporation, David Byrne, Towa Tei, Caetano Veloso and Chico Buarque.

Ya en el año 2000 con la producción del artista y productor yugoslavo Suba, editó su primer álbum Tanto Tempo, récord de ventas, y en 2004, producido por Marius de Vries, Carlinhos Brown y la misma Gilberto, editó el álbum Bebel Gilberto, con un sonido más internacional de pop adulto.

Se realizó bajo la batuta de afamados productores, entre los que se encuentran Mark Ronson (Amy Winehouse, Lily Allen), John King (Dust Brothers, Beck), Daniel Jobim, Carlinhos Brown, Didi Gutman (Brazilian Girls) y Mario Caldato Jr (Beastie Boys, Björk, Jack Johnson).

La ganancias de sus ventas serán donadas para la lucha contra el VIH y algunas causas sociales.

Bebel se casó recientemente y radica en Nueva York, desde donde coordina su carrera artística.