Asimismo, se generó un conflicto diplomático con México tras ordenar un ataque aéreo a embarcaciones pesqueras mexicanas que consuetudinariamente violaban aguas guatemaltecas.Ydígoras-Fuentes estuvo entre los primeros alumnos aspirantes a pilotos aviadores militares junto a Oscar Morales López, Heriberto Taracena, Federico Flores Chavarría, Oscar Rodríguez y Carlos Gálvez.[8][1] La oposición alegó que hubo considerables manipulaciones de los electores por parte del Gobierno de Juan José Arévalo, que puso a disposición del candidato oficial considerables recursos, pero no pudo revertir el resultado.[1] Ydígoras le preguntó a Wieland si tenía tiempo para escuchar una historia sobre Arévalo y sin esperar respuesta le empezó a relatar un supuesto incidente en el que durante una reunión en Londres, Inglaterra, se había encontrado con profesor chileno, cuyo nombre no recordaba; supuestamente, el profesor confundió a Ydígoras por un comunista y le contó que tanto él como Arévalo eran agentes soviéticos y que Arévalo había sido enviado a Guatemala para tomar el Gobierno «en nombre del Kremlin».Wieland lo interrumpió en ese momento y dio por concluida la reunión diciéndole: «Gracias general por esta amena e informativa visita».No sería la última vez que Ydígoras daría una pésima impresión a los oficiales estadounidenses.Somoza les dijo que saludaran a Ydígoras de su parte, pero no les dio nada, pues no creía que en esos momentos el ejército guatemalteco estuviera dispuesto a apoyar un golpe de Estado.[1] Ydígoras no fue el único que solicitó ayuda a los estadounidenses: el coronel retirado Roberto Barrios Peña y Guillermo Putzeiys lo hicieron también, pero recibieron la misma respuesta ante sus débiles propuestas: los Estados Unidos miraban con preocupación la proliferación del comunismo en Guatemala, pero no estaban en posición de apoyar un golpe de Estado en ese momento.[5] Ydígoras-Fuentes retornó a Guatemala en 1957, luego del asesinato de Castillo Armas para participar en las contiendas electorales, en donde resultó vencedor.[12] El Gobierno guatemalteco indicó también que dichas embarcaciones no exponían matrícula de identificación ni bandera nacional y que Guatemala se reservaba el derecho de atacar a dichos "piratas"."[14][15]La Fuerza Aérea Mexicana no respondió la agresión, y se ha sugerido que el presidente de México licenciado Adolfo López Mateos, quien tenía menos de un mes en el cargo, no agredió a Guatemala por ser México el país líder de la Organización de los Estados Americanos (OEA) y por posibles repercusiones políticas; al conflicto entonces, se le dio una salida diplomática.En marzo de 1959, la situación diplomática empeoró cuando Ydígoras-Fuentes acusó al Gobierno mexicano de albergar a José Gregorio Díaz y Rogelio Cruz Wer, exfuncionarios guatemaltecos, y de planear una invasión a Guatemala desde México; aunque este cargo fue rechazado y desmentido, otros cargos fueron expuestos por Ydígoras-Fuentes, incluyendo una alianza militar secreta entre Belice y México para invadir a Guatemala.La crisis política continuó y el Gobierno abrió muchos flancos, iniciándose así la lucha guerrillera en Guatemala.En los siguientes días crecieron las acciones en contra del régimen, inclusive grandes manifestaciones en las calles de la capital.Los estudiantes, utilizando únicamente palos, piedras y algunas bombas Molotov, detuvieron los avances de las fuerzas públicas.Cuando el Gobierno cortó la red telefónica, los estudiantes reaccionaron, ocupando radioemisoras para transmitir sus mensajes y coordinar así sus acciones.Las protestas se extendieron al interior del país, Chiquimula, Jutiapa, Retalhuleu, San Marcos, Huehuetenango y principalmente a Quetzaltenango, el segundo centro de protesta estudiantil.También llegaron a participar varios partidos políticos de la oposición, quienes maniobraron para tomar el control del movimiento.Al inicio de las manifestaciones, los militares que estaban descontentos con Ydígoras no actuaron.De tal cuenta, al crecer las protestas, altos oficiales buscaron contacto directo con los estudiantes para planificar la transición pos Ydígoras.
Miguel Ydígoras Fuentes en 1950
Un Mustang de la FAG sobrevuela la embarcación mientras otro Mustang efectúa descargas de advertencia.
Bandera del Movimiento Revolucionario 13 de Noviembre