Peralta suspendió la Constitución, disolviendo el Congreso de la República, prohibiendo la actividad política, y declarando ilegal al comunista prosoviético, Partido Guatemalteco del Trabajo (PGT).

Peralta Azurdia continuó además ejerciendo como ministro de la Defensa.

El partido Democracia Cristiana Guatemalteca, que experimentaba un proceso de cambio interno, liderado por su diligencia juvenil, se negó a convalidar el pacto y fue cancelado por el gobierno militar.

El nuevo texto constitucional, al igual que el anterior aprobado de igual manera en 1956, estructuraba un Estado anticomunista y excluyente, y por primera vez en la historia de Guatemala, contrainsurgente.

También se promulgó el Código Civil, el Código Procesal Civil y el Mercantil, la Ley de Emisión del Pensamiento y Ley del Orden Público, entre otros.

[7]​ Con el apoyo de Logan, el ejército guatemalteco lanzó la Operación Limpieza, a cargo del coronel Rafael Arriaga Bosque; el programa las actividades de todas las agencias de seguridad del estado -incluyendo al ejército, la policía judicial y la policía nacional- en operaciones tanto legales como clandestinas.

Bajo la dirección de Arriaga Bosque, las fuerzas de seguridad secuestraron, torturaron y mataron a los principales miembros del Partido Guatemalteco del Trabajo.

[10]​ Se dio atención prioritaria al problema educativo del país, construyéndose numerosas escuelas y en 1965 se emitió la Ley del Impuesto sobre la Renta en que se exoneró a las universidades privadas de toda clase de impuestos, contribuciones y arbitrios y en 1966 se aprobó la Ley de Universidades Privadas.

[14]​ El 6 de marzo de 1966 se celebraron elecciones presidenciales, en las que el candidato del Partido Institucional Democrático (PID), que apoyaba a Peralta, cayó derrotado ante el del PR, Julio César Méndez Montenegro, a quien cedió la presidencia el 1 de julio.