Pero la autoridad de Melisenda no se transmitió a su hijo, sino que fue independiente de él, como escribió Guillermo de Tiro: reseditque reginam regni potestas penes dominam Melisendem, Deo amabilem reginam, cui jure hereditario competebat («el gobierno del reino quedó en poder la señora reina Melisenda, una reina amada por Dios, pues se lo transfirió por derecho sucesorio»).

Con el tiempo, aparece cada vez más a menudo asociada con su padre en la documentación oficial (monedas, concesión de feudos y correspondencia diplomática).

Balduino educó a su hija como una sucesora capaz y ella disfrutó del apoyo de la Haute Cour, el consejo real que reunía a la nobleza y el clero del reino.

Tras la muerte de Balduino II en 1131, Melisenda y Fulco ascendieron al trono como gobernantes conjuntos.

Hugo era el barón más poderoso del reino y muy leal a la memoria de Balduino II.

Su lealtad se extendía a Melisenda, aunque el propio Hugo, por estricta sucesión masculina, tenía un mayor derecho al trono.

El patriarca de Jerusalén negoció la paz, y Hugo fue exiliado por tres años.

Esto fue suficiente para que la facción de la reina desafiase abiertamente a Fulco.

En 1144 el condado de Edesa se encontraba asediado en una guerra fronteriza que amenazaba su supervivencia.

Junto a Luis venía su mujer, Leonor de Aquitania, y sus propios nobles vasallos.

Conrado y Luis aconsejaron a un joven Balduino III, de 16 años, atacar la ciudad-estado musulmana de Damasco, aunque Melisenda, Manases y Leonor querían tomar Alepo, lo que ayudaría a reconquistar Edesa.

Sin embargo, esta ciudad estaba en buenas relaciones diplomáticas con Jerusalén, y existía entre ellas un tratado de paz.

El resultado de esta ruptura fue que Damasco no volvería a confiar jamás en Jerusalén.

Como gobernante, posiblemente le costó ceder capacidad de decisión a un joven inexperto.

Melisenda con su hijo menor Amalarico y otros buscó refugio en la torre de David.

Melisenda había “perdido” la guerra civil con su hijo, pero mantuvo gran influencia y evitó ser recluida en un convento de por vida.

En 1161 Melisenda sufrió un infarto cerebral: su memoria resultó muy dañada y no pudo seguir tomando parte en los asuntos de gobierno.