Tres veces gobernador de la provincia de Yucatán, trabajó en la apertura del camino real desde Campeche al Petén (Tayasal) en lo que es actualmente Guatemala, donde se habían refugiado los itzaes desde antes de la llegada de los conquistadores y en donde seguían viviendo, a fines del siglo XVII, encabezados por el halach uinik llamado Canek, sin haber sido sometidos por los españoles.Esta promesa la recibió por su ofrecimiento a la corte de España de salir a someter a los pueblos mayas del Petén que aún no estaban «civilizados» por los españoles, quienes habían trastocado en provincia moderna la región peninsular desde hacía más de un siglo con la excepción de la región ocupada por los itzaes (con núcleo en Tayasal) y por los cochuah, a lo largo del camino no consolidado entre Yucatán y Guatemala.Los carpinteros estaban llamados a construir las naves que servirían para cruzar hacia la isla de Tayasal en donde residía la clase gobernante de los mayas independientes que deseaban someter.Martín de Ursúa regresó a San Francisco de Campeche e instaló su residencia en el puerto con el disgusto y la oposición del gobernador, que manifestó su reclamación, ya que no podía ejercer debidamente su autoridad con la presencia en el territorio de su nombrado sucesor.La corte española, conociendo el caso y para dirimir la diferencia que crecía entre Ursúa y Soberanis, dictaminó que los territorios recién conquistados se separaban de la Capitanía General de Yucatán, creándose la Capitanía General del Petén, a cuya cabeza quedaba el conquistador Ursúa.No tuvo, sin embargo, gran suerte en el ejercicio de su segundo mandato.Redujo el número de comerciantes chinos residentes en Manila y terció en las disputas internas entre el arzobispo y las órdenes de regulares, especialmente los recoletos.Hizo también frente a incursiones de filibusteros ingleses y moros, poniendo estos últimos sitio a la fortaleza de Zamboanga durante varias semanas.Entonces, las Filipinas pasaron a depender administrativamente del Consejo de Indias.
Rutas de entrada a Petén del siglo
xvii
desde Yucatán y desde Guatemala, con algunos de los topónimos regionales de la época.
