Su actitud dudosa en los últimos meses del conflicto, motivó que posteriormente fuera acusado de pertenencia a la quinta columna y colaboracionismo con agentes franquistas.
[3] Se encontraba destinado en la La Coruña cuando se produjo la proclamación de la Segunda República Española, a la que pronto juró fidelidad junto a gran parte del Ejército español.
El asalto franquista largamente esperado comenzó en junio con una gran concentración de unidades militares y aunque lanzó numerosas acometidas, las tropas republicanas lograron resistir la embestida.
Por la reciente victoria defensiva en Valencia, el 16 de agosto Matallana fue ascendido al generalato.
[8] Matallana, que al principio colaboró plenamente en su planificación, terminó oponiéndose abiertamente.
Después de efectuar numerosas protestas y negativas, el Plan se suspendió finalmente junto a la también nula colaboración del General Miaja.[9][n.
[8] La deficiente actuación del Ejército Popular en esta ofensiva volvió a plantear numerosas dudas sobre Matallana, cuyo cuartel general había emitido numerosas órdenes contradictorias prohibiendo nuevas ofensivas y ralentizando el avance.
[8] Lo cierto es que desde comienzos de año la quinta columna madrileña venía tanteando la lealtad de Matallana y otros oficiales, y Matallana empezaba a contactar con agentes del servicio secreto franquista.