[2] En 1998, participó nuevamente en las elecciones presidenciales, venciendo en la primera vuelta y siendo electo en el balotaje.Tras dejar el poder, se le formularon cargos por su responsabilidad ante la crisis económica.Sus estudios primarios, los realizó en los Hermanos de las Escuelas Cristianas – La Salle, mientras que los estudios secundarios en el Colegio San Gabriel de Quito, regentado por la orden católica jesuita.Un hito de su alcaldía fue que Quito fue elevado a Distrito Metropolitano en 1993 ganando más autonomía y le denominó el nuevo tratamiento como "Alcalde Metropolitano".[11] Mahuad se presentó a las elecciones presidenciales de 1998, en binomio con Gustavo Noboa, por el partido Democracia Popular.[12] Mahuad fue elegido presidente en una segunda vuelta en contra de Álvaro Noboa, del Partido Roldosista Ecuatoriano.[14] La campaña electoral de Mahuad se basó en resaltar el desprestigio del expresidente Abdalá Bucaram por la corrupción en su gobierno.Durante su gestión, su hija, Paola Mahuad Calderón, ejerció como primera dama del Ecuador, considerando que para la fecha el presidente se encontraba divorciado.El Acta Presidencial de Brasilia daba por terminadas global y definitivamente las 'discrepancias ' entre las dos Repúblicas, señalaba la frontera terrestre por donde Perú había siempre interpretado el Protocolo de Río, ratificaba el Tratado de Comercio y Navegación del mismo Protocolo y comprometía a los dos Estados a un amplio Acuerdo de Integración Fronteriza, Desarrollo y Vecindad, cuyo contenido especificaba claramente.[18] La política de contención social se mantiene en Ecuador hasta la actualidad, sin embargo el programa ha sido reestructurado en varias ocasiones respecto de su alcance y valor.[19] Este dinero líquido se canalizó como préstamo a los bancos para impedir su quiebra.Una parte del dinero recibido se destinó, en efecto, a la compra de dólares y a su colocación fuera del país para cancelar créditos vigentes de los propios bancos.Esta entidad devolvió muy poco y más bien continuó canalizando créditos a bancos como el Pacífico, el Popular y la Previsora que más tarde habrían de pasar a la propia Agencia.Las Fuerzas Armadas del Ecuador deciden hacer una jugada doble, tomar el liderazgo de las protestas que habían declarado un triunvirato que hasta el momento no tenía poder real, e instalar un gobierno militar usando ese triunvirato como medio.[24][25][26][27] Aunque el gobierno de Chile le ofreció asilo diplomático, Mahuad salió del país para residir en Estados Unidos.Según los argumentos de la Fiscalía General del Estado, Mahuad tuvo responsabilidad penal por la crisis bancaria debido a dos decretos que firmó durante su administración: La Fiscalía General del Estado argumenta que el congelamiento de fondos se ejecutó con la finalidad de beneficiar a los propietarios, gerentes o administradores de los bancos privados con iliquidez, lo que causó un enorme perjuicio económico a la ciudadanía ecuatoriana.La Interpol finalmente se negó a detener a Mahuad bajo el argumento de que su requerimiento por la justicia de Ecuador era tema político que no les compete.
