Posteriormente, el PPP y Fabián Alarcón se adhirieron al Partido Demócrata (PD), con el que fue electo Prefecto de Pichincha en 1984.
Bucaram fue sustituido por Alarcón, cuando el cargo le correspondía a la vicepresidenta Rosalía Arteaga.
Por tal motivo, durante su presidencia se dieron grandes escándalos de corrupción.
No obstante, pronto sus litigios judiciales pasaron al olvido de la opinión púbilca.
Posteriormente intentó ser elegido como diputado, sin obtener el apoyo popular, por lo que dejó la política tras aquel fracaso.
Actualmente, se mantiene alejado de la palestra política, haciendo apariciones esporádicas, en conferencias y seminarios.
Estudió jurisprudencia y a los 26 años de edad se doctoró en la Pontificia Universidad Católica del Ecuador.
Fue presidente del Congreso en los períodos de 1991-1992, 1995-1996 y 1996-1997, en este último período se desató la crisis política a causa del gobierno del presidente Abdalá Bucaram, resultando en masivas protestas en su contra, ante lo cual Alarcón instó al Congreso Nacional a destituir a Bucaram, utilizando la figura de la Incapacidad Mental, efectuándose esto por mayoría simple el 6 de febrero de 1997, siendo designado como Presidente Constitucional Interino que provocó un caos constitucional.
Al darse la destitución de Bucaram, se desarrolló una grave crisis política.
Las causas constitucionales para deponer al presidente eran traición a la patria, cohecho y grave atentado contra el honor nacional, que debían ser sentenciadas en juicio político votado por una mayoría de los dos tercios del Congreso.
Asimismo, Alarcón saneó las aduanas entregándolas al control administrativo de las Fuerzas Armadas.
[4] Durante su presidencia, la diputada del FRA y luego de Izquierda Democrática, economista Cecilia Calderón, lo acusó de haber fomentado la sinecura ("piponazgo") mientras Alarcón ejercía la presidencia del Congreso.
La acusadora llevó este cargo a la Comisión Anticorrupción creada por el propio presidente.