Sin embargo, logró terminar el bachillerato compaginando estudios y trabajo.Tras la sublevación militar que condujo a la Guerra Civil, Koldo Mitxelena se presentó como miliciano voluntario, integrándose en uno de los batallones del Euzko Gudarostea.En la cárcel de Burgos, donde había numerosos intelectuales presos, lleva a cabo una intensa actividad cultural.Con 27 años y una precaria salud, vuelve Koldo Mitxelena a su Rentería natal.El empresario renteriano José Uranga le ofrece un puesto de contable en Madrid, donde ha montado una empresa.Estudia por libre y presenta una dispensa de escolaridad, para poder presentarse a los exámenes sin acudir a clase; pero esta dispensa no es aceptada por las autoridades universitarias y Mitxelena ve bloqueado su sueño de iniciar estudios superiores.En ese momento Mitxelena es contactado por Joseba Rezola, dirigente nacionalista vasco que se encuentra también residiendo en Madrid.Su labor es la de contactar a diferentes fuerzas opositoras (CNT, republicanos, etc.) y coordinarse con ellas a fin de poder presentar, llegado el momento, una alternativa política común y consensuada al franquismo.Junto con él caen tres importantes galleguistas —Ramón Piñeiro y los hermanos Saco.Mitxelena es trasladado a la cárcel de Alcalá, donde permaneció 16 meses sin ser juzgado.Durante su estancia en la cárcel, la Compañía Auxiliar de Edificaciones dirigida por el navarro Florián Eguinoa para la que trabajaba en 1946, antes de su ingreso en prisión,le siguió pagando su salario íntegro.Con sus abultados antecedentes penales encontrar trabajo estable le fue muy difícil, por lo que se valió de sus amistades y de sus admiradores que, anteponiendo la valía científica y humana del lingüista a los diversos credos políticos, procuraron ayudarle, destacanto entre los mismos José Arrue, Antonio Tovar, Amorós, Manuel Agud, Vallejo, etcétera).[5] En 1959 logró el doctorado en Filosofía y Letras, disciplina cuyo estudio había comenzado en prisión.El destino natural de Koldo Mitxelena siempre fue la comunidad universitaria y científica internacional y para acceder a las mismas procuró conseguir la cancelación de los antecedentes penales que le impedían el acceso a ambas, objetivo para el que los amigos y científicos admiradores de Koldo Mitxelena fueron nuevamente fundamentales.Durante toda su vida tomó una posición política relevante en favor del vasquismo.
