En 2005 la justicia declaró inconstitucionales los indultos a Menéndez[8] y fue procesado por delitos de lesa humanidad.
Dispuso revocar su prisión domiciliaria y ordenaron su traslado a una cárcel común dependiente del Servicio Penitenciario Provincial, lo que era un histórico planteo de las partes querellantes que representan a las víctimas.
[9] Ha sido vinculado a «por lo menos» ciento treinta y nueve causas por delitos de lesa humanidad y fue imputado en ochocientas causas por este tipo de delitos.
[15] Tuvo un hermano mayor, José María, quien también fue oficial del Ejército Argentino (y alcanzó el rango de coronel).
[16] Su primo, Mario Benjamín, fue oficial y llegó a general de brigada; y se destacó especialmente por ejercer como gobernador militar de las Islas Malvinas, Georgias del Sur y Sandwich del Sur, durante el Conflicto del Atlántico Sur de 1982.
[16] Egresó del Colegio Militar como subteniente de caballería con la promoción 74.
Era opuesto al sector "legalista", representado por los generales Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola, que rechazaban la represión militar aunque compartían la oposición al peronismo (esta posición retrocedería con el crecimiento de la actividad guerrillera en 1974).
Apenas había dejado la brigada, tuvo que reasumir interinamente el mando por la conmoción acaecida tras el asesinato del capitán Humberto Viola por el ERP.
[22] De este modo, crecía el malestar militar con el incremento del accionar guerrillero.
[23] En la interna militar estaba perfectamente alineado con el sector "duro" junto con los comandantes de cuerpo Díaz Bessone, Riveros y Suárez Mason, partidarios del golpe de Estado y la lucha antisubversiva.
[41] A principios de 1977 el D-2 secuestró, torturó y asesinó ocho militantes políticos.
Rodeado por las fuerzas leales a Viola, se rindió y quedó en prisión durante 90 días en Curuzú Cuatiá.
Quedó indultado junto a otros militares que habían permanecido bajo su mando, los generales de brigada Juan Pablo Saá, Jorge Alberto Maradona y Mario Ramón Lépori.
[48] El pedido fue rechazado varias veces por el gobierno argentino alegando el principio de territorialidad.
Pero en 2005 esa decisión fue anulada por el Tribunal Supremo de España,[50] que ordenó continuar con las extradiciones solicitadas por Garzón.
En la misma causa se imputó al teniente general Jorge Rafael Videla y al coronel Vicente Meli (el general de división Juan Bautista Sasiaiñ había fallecido[53] antes del juicio), entre otros responsables.