En 1872 el jefe político de Cerro Largo, Bernabé Manuel Rivera, lo designó Comisario General del departamento.
Por entonces era ya notoria su rivalidad con los Saravia, que venía de larga data y comprometía a ambas familias.
Antonio Floricio "Chiquito" Saravia (hermano de Aparicio) recibió la orden de tomar contacto con Muniz en una pulpería que frecuentaba, pero no acudió personalmente sino que mandó al Capitán Juan Sosa con gente armada.
Muniz no se encontraba en el negocio, pero sí estaban dos hijos suyos, Alberto y Segundo.
Al ver la fuerza de Sosa los parroquianos le atribuyeron intenciones agresivas y cerraron las puertas.
Este trató de hacerles conocer su propósito pero un disparo efectuado desde el interior del comercio lo mató.
Se convirtió entonces en el más decidido enemigo de la revolución que gestaba el Partido Nacional y la combatió en primera línea junto a las fuerzas del gobierno del Partido Colorado.
Tras varios fracasos, Batlle lo sustituyó por el General Pablo Galarza y lo designó comandante de un fantasmal Ejército del E, que nunca llegó a formarse.
En los años siguientes Muniz vivió en su estancia, dedicado a las faenas rurales, en su casa pintada de blanco y azul —colores del Partido Nacional— en los que el empleo del color rojo estaba prohibido.