Durante las guerras civiles entre los conquistadores del Perú, se mantuvo constantemente leal a la Corona, y por ello fue premiado con varias encomiendas de indios.

Dejó numerosa descendencia; entre sus descendientes notables figuran el presidente Fernando Belaunde Terry y el líder político Víctor Raúl Haya de la Torre.

[1]​[2]​[3]​ Durante su estancia en Santo Domingo se casó con Catalina de Feria, con quien tuvo un hijo.

[1]​[2]​ Intervino en los primeros lances que se desarrollaron en Tumbes, asistió a la fundación de San Miguel de Piura, que fue la primera ciudad española en el Perú.

Se quedó en la nueva ciudad, al mando de la guarnición dejada por Pizarro, mientras que este se dirigía a Cajamarca, al encuentro del inca Atahualpa.

Pero al no haber sido fundada esta ciudad, no pudo cumplir con dicho mandato; tampoco reclamó ese cargo al fundarse la ciudad de San Miguel o estaba a punto de hacerlo, cuando ocurrió un penoso incidente.

El único indicio acusador era la caligrafía del escrito, muy similar a la suya.

Pizarro, aunque muy dolido por lo que consideró una deslealtad de su amigo, le perdonó la vida, pero a cambio ordenó que se le cortaran las yemas de los dedos; luego lo mandó desterrado a Panamá.

Para dar cumplimiento al mandato, Blasco Núñez Vela llegó al Perú como primer virrey del territorio, con la misión especial de hacer cumplir las Leyes Nuevas.

[4]​ Gonzalo Pizarro entró así en abierta rebeldía contra la autoridad real.

En el sur del virreinato peruano se levantó en armas Diego Centeno en favor de la Corona.

El emperador Carlos V, deseando pacificar el reino del Perú, envió en tal misión al clérigo Pedro de la Gasca, no con un ejército, sino solo con poderes extraordinarios y cédulas en blanco firmadas por el emperador para que las aplicara a su criterio, dando los correctivos necesarios a quienes no acataran las leyes del Reino.

Cuando llegó La Gasca al Perú, Juan de la Torre volvió a tomar las armas a favor de la Corona y se puso a las órdenes del clérigo, al igual que otros muchos españoles del Perú, de modo que pronto se formó un ejército real.

Entonces apareció Francisco Hernández Girón como nuevo líder de los descontentos y armando un gran ejército se aprestó a lograr lo que Gonzalo Pizarro no había sido capaz de conseguir.

Después de algunas batallas entre los dos bandos en las que salió victorioso Hernández Girón, al final, en la batalla de Pucará, este caudillo fue derrotado y posteriormente llevado a Lima donde fue ajusticiado.

[4]​ Durante sus últimos años se dedicó a la vida religiosa, con ribetes místicos.

[8]​ De su matrimonio con Beatriz de Casillas y Padilla, dejó descendencia que hasta hoy existe, arraigada en Arequipa, aunque también esparcida en otras partes del Perú.

Uno de sus descendientes destacados es el arquitecto Fernando Belaunde Terry, dos veces presidente del Perú.

[1]​ Otro es el fundador del aprismo, Víctor Raúl Haya de la Torre.