La iniciativa del archiduque generó rechazos tanto en Rusia como en la corte austríaca misma, y el emperador dispuso finalmente su relevo en el mando.
Vivió brevemente en París y Zúrich, siendo presionado por el emperador a adoptar la ciudadanía suiza.
Fue la última vez que Juan, su esposa y la tripulación de la nave fueron vistos.
El emperador promovió varias búsquedas infructuosas del buque y el archiduque Juan fue declarado desaparecido.
La gran duquesa viuda María Antonieta siempre se negó a llevar luto por Juan, convencida de que su hijo seguía vivo.