Al regresar con éxito la primera expedición colombina, cambió su actitud y pasa a ser otro más de los activos descubridores palermos.En años posteriores (1517-18) debió conocer en Sevilla a Magallanes, que preparaba su viaje con el objetivo de encontrar un paso que le permitiera salvar el continente americano para llegar a tierras asiáticas por occidente, convenciéndole el portugués de que lo acompañara, para lo cual tuvo interesantes razones: una real cédula ofrecía conceder a los pilotos y maestres de naos que acompañaran a Magallanes privilegios de Caballería, y otra similar aumentaba en 6.000 maravedíes el sueldo anual de Juan Rodríguez Mafra, el tiempo que estuviera embarcado.En realidad, lo que Magallanes buscaba como estrecho era la enorme desembocadura del Río de la Plata.Ante tal contrariedad y no pudiendo continuar hacia el sur en aquella época, tuvieron que pasar el invierno.Mes en que moría, al parecer de fiebres, Juan Rodríguez Mafra.Ginés de Mafra, hombre muy culto, nos legó una interesante historia del primer viaje que dio la vuelta al mundo.
Primera vuelta al mundo, comenzada por Magallanes y terminada por Elcano en la que participó Juan Rodríguez Mafra.
Réplica de la nao
Victoria
, la única de las cinco naves de Magallanes que retornó a España en 1522, siendo la primera en circunnavegar el globo terrestre.